明月山拥有大量珍稀植物：南方红豆杉、千年银杏、千年禅茶树、红花油茶等，中华落叶木莲为世界珍稀植物，华木莲发现时仅存两棵，为明月山特有。明月山的珍稀动物有：娃娃鱼、猕猴、松鼠、白鹭等。有“天然动植物园”之美誉。